Пока армия Машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону. Но удастся ли им предотвратить полное вторжение в город кишащей орды беспощадных машин до того, как Нео соберет все свои силы и положит конец войне?

Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам. Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.

Жизнь Томаса Андерсона разделена на две части: днём он самый обычный офисный работник, получающий нагоняи от начальства, а ночью превращается в хакера по имени Нео, и нет места в сети, куда он не смог бы дотянуться. Но однажды всё меняется — герой, сам того не желая, узнаёт страшную правду: всё, что его окружает — не более, чем иллюзия, Матрица, а люди — всего лишь источник питания для искусственного интеллекта, поработившего человечество. И только Нео под силу изменить расстановку сил в этом ставшем вдруг чужим и страшным мире.