В далеком будущем возвращающийся на Землю грузовой космический корабль перехватывает исходящий с неизвестной планеты неопознанный сигнал. Экипаж принимает решение совершить посадку и разобраться, в чем дело. Оказавшись на планете, астронавты повсюду обнаруживают неопознанные предметы, по виду напоминающие гигантские коконы…

Спустя двести лет после событий, произошедших на планете-тюрьме, группа ученых, опекаемых военным командованием, клонирует Эллен Рипли, чтобы с ее помощью заполучить детеныша инопланетного монстра. Вскоре он уже сам начинает плодиться, производя на свет новую породу — помесь кровожадного пришельца и… человека.

После бегства с планеты "чужих" космический корабль Рипли терпит катастрофу вблизи так называемой планеты-тюрьмы, места, где отсиживают свой срок убийцы, насильники и прочие отбросы общества. Вместе с Рипли на эту планету попадает зародыш "чужого", который и был причиной гибели корабля. Довольно быстро он превращается в гигантскую зубастую тварь и начинает свое темное дело. Его жертвами становятся десятки безоружных заключенных.

Капсула с Элен найдена спасателями после многих лет блуждания в космосе. Ей сообщают, что планета L.V. 426 колонизирована, и ей придется вернуться туда, где начался ее кошмар, ибо связь с колонистами прервалась. И вот в составе группы космического десанта Рипли отправляется на проклятую планету. Но теперь их там поджидает не один Чужой, а тысячи. Кто сможет выжить в этой войне: чудовища, способные только убивать, или люди, способные мыслить?