Фильм состоит из двух сюжетных линий, одна из которых предваряет, а другая продолжает сюжет первого фильма. Сцены обеих историй перемежаются между собой на протяжении всего фильма. В первой из них, основанной на сюжете книги III романа «Крёстный отец», повествуется о ранних годах жизни будущего главы одного из сильнейших мафиозных кланов Корлеоне — Вито Корлеоне.
Будущий Дон Корлеоне, урождённый Вито Андолини, появился на свет в 1891 году в городке Корлеоне на Сицилии. Отец Вито был убит за оскорбление главаря местной мафии, когда мальчику было девять лет. Его мать и брат Паоло также погибли от рук мафиози. Несмотря на то, что юный Андолини считался недоразвитым, потому что не мог говорить, убийца его семьи Дон Чичо опасался, что рано или поздно Вито отомстит ему, и начал на него настоящую охоту. Поэтому родственникам пришлось тайно отправить его в США. Там по ошибке пограничника мальчик получает имя родного города Корлеоне и с того дня он станет известен как Вито Корлеоне.