В конце первого фильма могущественный темный волшебник Геллерт Грин-де-Вальд был пойман сотрудниками МАКУСА (Магического Конгресса Управления по Северной Америке), не без помощи Ньюта Саламандера. Выполняя свое обещание, темный маг устраивает грандиозный побег и начинает собирать сторонников, большинство из которых не знают о его истинной цели: добиться превосходства волшебников над всеми немагическими существами на планете. Чтобы сорвать планы Грин-де-Вальда, Альбус Дамблдор обращается к своему бывшему студенту Ньюту Саламандеру, который соглашается помочь, не подозревая, какая опасность ему грозит. В раскалывающемся на части волшебном мире любовь и верность проверяются на прочность, а конфликт разделяет даже настоящих друзей и членов семей.

Фильм рассказывает о приключениях писателя Ньюта Саламандера в Нью-Йоркском секретном обществе волшебниц и волшебников, происходивших за 70 лет до того, как Гарри Поттер прочитает книгу этого писателя в школе.