Обрушившееся на Землю катастрофа названная «Вторым Ударом» погубила большую часть человечества. После многих лет ушедших на восстановление после этого ужасного бедствия, на человечество неожиданно нападают загадочные существа, называемые Ангелами. 14-летний подросток, Икари Синдзи, получает от отца, являющегося командующим секретной военной организации Nerv, приглашение в город-крепость Токио-3. Во время первого нападения Ангела, когда Синдзи прибывает в Токио-3 — отец требует от него, чтобы тот немедленно приступил к пилотированию Евангелиона, — человекоподобного робота, разработанного в режиме секретности. Синдзи испуган и отказывается сесть в машину. Но видя, что единственным человеком способным пилотировать её оказывается тяжело раненая Рэй Аянами, Синдзи соглашается занять место пилота.

Подобно миру взрослых, мир детей не терпит различий, выделяющих кого-то на фоне других, коих принято считать «нормальными». Этот мир жесток, поскольку его обитатели, в отличие от обитателей мира взрослых, еще не успели научиться скрывать мерзкие мысли за напускной улыбкой. Многие вещи им непонятны, более того — неведомы. Дети прямолинейны. И поэтому очень жестоки. Однако все дети когда-нибудь вырастают. И оглядываясь назад, во времена школьной рутины, некоторым из них становится стыдно за свою юность.

События фильма происходят спустя месяц после того, как в Японии, впервые за тысячу лет, упала комета. В центре сюжета «истории о чудесах и любви» оказываются Мицуха и Таки. Мицуха — старшеклассница из провинциального городка, затерянного в горах. Её отец — местный мэр, который редко бывает дома, так что большую часть времени она живёт с младшей сестрой, учащейся в начальной школе, и бабушкой. Мицуха — честная девушка, но ей не нравятся обычаи её семейного синтоистского храма и тот факт, что отец опять участвует в выборах. И вообще, её не прельщает жизнь в сельской местности, вместо этого она мечтает о чудесах большого Токио. И однажды ей снится, что она парень из столицы... Таки — старшеклассник, живущий в центре Токио. Он общается с друзьями и работает на полставки в итальянском ресторане, интересуется архитектурой и прочими изящными искусствами. Однажды Таки видит сон, в котором он оказывается школьницей из горного городка, в котором никогда не бывал...

Злая ведьма заточила 18-летнюю Софи в тело старухи. В поисках того, кто поможет ей вернуть свой облик, Софи знакомится с могущественным волшебником Хаулом и его демоном Кальцифером. Кальцифер обязан служить Хаулу по договору, условия которого он не может разглашать. Девушка и демон договариваются помочь друг другу избавиться от злых чар…