Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащенный искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги.

2029 год. Благодаря повсеместно распространившимся компьютерным сетям и кибер-технологиям, границы между государствами окончательно стёрлись. Давно разыскиваемый хакер по кличке «Кукловод» начинает вмешиваться в политику. И группа кибернетически модифицированных полицейских из «9-го Отдела» Министерства Общественной Безопасности получает задание найти и остановить его. Но в ходе расследования возникает вопрос: кто же такой «Кукловод» в том мире где грань между человеком и машиной практически стёрта?..