Лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также король Джулиан, Морис, Морт и Пингвины все еще пытаются вернуться в Нью-Йорк. На этот раз их путь пройдет через Европу, где они откроют свой цирк.

Полная опасностей жизнь на Мадагаскаре не оправдала ожиданий привыкших к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животных — льва Алекса, зебры Марти, жирафа Мелмана и бегемотихи Глории — и друзья решают сбежать с острова. По случайности, всю компанию заносит в Африку, где Алекс встречает свою семью, с которой он был разлучен в детстве. Неожиданно для себя Алекс понимает, что после жизни в зоопарке у него гораздо меньше общего с родственниками, чем ему хотелось бы…

Четверо изнеженных животных из Центрального зоопарка в Нью-Йорке — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотамиха Глория — решаются на побег. Оказавшись после кораблекрушения на экзотическом острове Мадагаскар, населенном лемурами и поедающими их фоссами, путешественники с ужасом понимают, что с городскими привычками им придется распрощаться.