Четыре черепашки и крыса в канализационных трубах Нью-Йорка вляпались в радиационные отходы, мутировали и превратились в человеческого роста разумных черепашек, а крыса, которая раньше жила у японского мастера ниндзя-цу, обучила их боевым искусствам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с тележурналисткой и помогли остановить рост молодежной преступности.

Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

Эйприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старинный японский скипетр, и ещё всяких других подарков для своих друзей черепашек. Как выяснилось, этот скипетр — не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но он работает только в том случае, когда вес путешественников во времени одинаков с обоих сторон. Так случилось, что скипетр перенес Эйприл в феодальную Японию, в 1603-й год. Следом за ней отправились и черепашки, но вот беда, вместо того, чтобы попасть в храм, где по идее должен был находится скипетр, они оказываются посреди поля сражения. Во всей этой неразберихе теряется Микеланджело со скипетром. И теперь черепашкам нужно не только спасти Эйприл, но и вернуть скипетр. В нашем времени в этот момент тоже совсем не скучно.