Стюарт теперь учится в школе, строит модели самолетов и играет в футбольной команде. Но все меняется, когда судьба сводит его с канарейкой по имени Маргало. Они становятся друзьями, и птица рассказывает Стюарту о злобном Соколе, который терроризирует ее.И вдруг вскоре после этого Маргало исчезает. Стюарт и кот Снежок отправляются на отчаянные поиски своего нового друга через весь Нью-Йорк.

Когда Джордж попросил своих родителей усыновить ему маленького братишку, чета Литтл восприняла его просьбу слишком буквально. И в один прекрасный день в их большом доме появился… крошечный мышонок Стюарт, который одет в модный костюмчик и умеет разговаривать.С этого момента начинаются непредсказуемые, веселые, а иногда и опасные приключения Стюарта Литтла. За малышом охотятся все коты в округе, его похищают мошенники, и чтобы вернуться домой, новому члену семьи придется стать настоящим героем.