История игры начинается с того, что ничего не подозревающий дельфин Экко вместе со своей семьёй наслаждается безмятежной жизнью в океане. По репликам одного из дельфинов стаи становится ясно, что Экко поспорил с ним, кто из них может выше выпрыгнуть из воды. Но в тот самый момент, когда Экко выпрыгивает из воды, появляется огромный смерч, который засасывает всю океанскую живность. Экко избегает этой участи, благодаря тому, что в этот момент находился в воздухе, но воздушные потоки удерживают его над водой вплоть до внезапного исчезновения шторма. После этого Экко отправляется на поиски своей стаи, и по пути встречает других дельфинов, от которых узнаёт, что весь подводный мир в хаосе после этого внезапного шторма.
Встретившаяся Экко косатка направляет его в Антарктику на поиски большого мудрого синего кита, которого так и зовут — Большой Синий (Big Blue). Найдя кита, Экко узнаёт от него, что подобные штормы случаются каждые 500 лет. За дополнительными сведениями кит направляет Экко к существу, известному как Астерит. Экко, покинув полярные льды, в одной подземной пещере находит Астерита — самое старое из живущих на планете Земля существ. Астерит обладает способностью к телепатическому общению. Как было сказано Большим Синим: «Мы чувствуем, что его мысли обладают сильной энергией, но он не поёт нам». Хотя Астерит достаточно могуществен, чтобы помочь Экко, он неполон: одна из его сфер-фрагментов отсутствует. Астерит соглашается помочь, если Экко найдёт её. Это можно сделать только отправившись в прошлое с помощью машины времени, построенной древними Атлантами.
