Лабиринт пройден, но Томасу, Терезе, Минхо и прочим глэйдерам не приходится расслабляться. Таинственное руководство ПОРОКА — секретной организации, устроившей гонки на выживание — назначает ребятам новые, смертельно опасные испытания. На сей раз их ждет переход по раскаленной пустыне и встреча с жертвами неизлечимой болезни, которые отличаются буйным нравом и непредсказуемым поведением.

Томас возглавляет отряд выживших глейдеров, чтобы выполнить последнюю и самую опасную миссию. Ради спасения своих друзей они должны проникнуть в легендарный Последний город, смертоносный лабиринт, контролируемый ПОРОКом. Каждый, кто выживет там, наконец-то получит ответы на все вопросы, которые мучили глейдеров с момента попадания в лабиринт.

Главный герой - подросток Томас, который просыпается в лифте, но ничего не помнит, кроме своего имени. Он оказывается среди 60 подростков, научившихся выживать в замкнутом пространстве. Раз в 30 дней прибывает новый мальчик. Группа ребят проживает в «Приюте» уже два года. Они кормятся тем, что удается вырастить на земле, и пытаются найти выход из лабиринта, окружающего их место жительства. Когда герои уже начинают терять надежду, появляется девочка в состоянии комы, но со странной запиской. Мир героев начинает меняться.