Игра является продолжением Assassin’s Creed III, где главным героем является аналитик Абстерго, изучающий генетическую память Дезмонда Майлса. В историческом периоде протагонистом является Эдвард Кенуэй (англ. Edward Kenway), отец Хэйтема Кенуэя и дед Коннора из Assassin’s Creed III; действие новой игры разворачивается в Золотую Эпоху Пиратства, в Карибском море на нескольких островах, в том числе Ямайке, Кубе и Багамах.

Игра имеет 2 сюжетные линии: присутствуют сюжетная линия в прошлом времени, действие которой разворачивается во второй половине XVIII века и сюжетная линия в настоящем, события которой происходят в 2012 году. Игрок может свободно переключаться между ними. В Assasin’s Creed III, как и в прошлых частях серии, для перемещения по игровому миру игрок может использовать искусство паркур: можно «зацепиться» за любой выступ, забраться на любую постройку и т. д. В игре есть «точки обзора» — здания или природные возвышенности, забравшись на которые, игрок может выполнить «синхронизацию» — открытие некоторой части карты. После выполнения «синхронизации» игрок может сделать «Прыжок веры» — выдуманный игровой прыжок, который позволяет осуществить быстрый спуск со здания или возвышенности в смягчающую падение среду (стог сена, водное пространство и т. д.). Также в игре присутствуют предметы коллекционирования и случайные события в открытом мире. Помимо передвижения пешком, игровой персонаж может использовать транспортные средства: лошадей, а также боевой корабль для перемещения и выполнения заданий.