Во время опасной спасательной миссии в космосе Джин Грей оказывается под воздействием таинственной космической силы, которая превращает её в одного из самых могущественных мутантов. Теперь Людям Икс предстоит помочь Джин и остановить тех, кто мечтает взять Тёмного Феникса под свой контроль.

В недалёком будущем уставший от жизни Логан заботится о больном профессоре Икс, который прячется неподалёку от мексиканской границы. Но Логан больше не сможет скрывать своё прошлое, когда встретится с юным мутантом, которого преследуют тёмные силы.

События «Дней Минувшего Будущего» оказали колоссальное влияние на мир, где мутанты и люди борются за свое место под Солнцем. В это нелегкое время Людям Икс предстоит столкнуться со своим самым опасным противником — древним мутантом Апокалипсисом, существом, схватка с которым может стать последней не только для мутантов, но и в принципе для всего человечества. В поисках способа победы над неуязвимым и бессмертным монстром Людям Икс предстоит узнать больше о происхождении своего вида. Но Апокалипсис неимоверно силен, и вероятность победы все уменьшается, ведь он твердо убежден, что только сильнейшие имеют право на выживание…

В недалёком будущем мутанты близки к истреблению роботами-охотниками на мутантов Стражами. Единственная надежда для мутантов выжить - предотвратить череду роковых событий, приведших к появлению Стражей. С помощью своих способностей, Китти Прайд перемещает сознание Росомахи в его молодое тело в 1973 год. В прошлом всё оказывается не так радужно: молодой Профессор Икс окончательно разочарован в своих идеях, Магнето содержится в тюрьме глубоко под землёй, а человечество не знает как реагировать на широкое появление мутантов...

Логан отправляется в Японию, где влюбляется в дочь главы клана Якудза. Ради любви Логану придется противостоять ее отцу Сингену, брату Самураю, наемнице Гадюке и другим опасным врагам.

Фильм нам расскажет о профессоре Ксавье и Магнито, о процессе основания школы Ксавье для детей-мутантов и, наконец, о том, что же произошло между двумя закадычными друзьями и почему они расстались.

Фильм рассказывает о неистовом и романтичном прошлом Росомахи, его сложных отношениях с Виктором Кридом и о зловещей программе Оружие Х. При этом Росомаха встречается со многими мутантами, уже знакомыми и новыми, и узнает несколько легенд о мире Людей Икс.

Людям Икс, во главе с профессором Чарльзом Ксавье, приходится вступить в битву с самой эволюцией в лице их воскресшего товарища по команде... Джин Грэй, возрожденная в облике Темного Феникса, представляет опасность не только для самой себя, но и для мутантов и для всей человеческой расы. А когда наконец найдено возможное лекарство – то, что может предотвратить генетические мутации – наступает время решающей битвы между Людьми Икс, Братством Магнето и человечеством.

Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится ещё более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями. Внезапное нападение снова становится причиной политического и общественного резонанса по поводу введения повсеместной регистрации мутантов и причиной образования движения против мутантов, возглавляемого Уильямом Страйкером, бывшим военным, который, по слухам, проводил опыты над мутантами. Работа Страйкера была каким-то образом связана с таинственным прошлым Логана, которое он не помнит. Как только Росомаха начинает пытаться разгадать своё прошлое, Страйкер активирует свою программу, направленную против мутантов, т.е. организует штурм на дом профессора Ксавье. Сбежавший из пластиковой тюрьмы Магнето предлагает Людям Икс объединиться и сражаться вместе против их общего устрашающего врага Страйкера.

Под руководством профессора Чарльза Ксавьера (Патрик Стюарт), телепата с мировым именем, одаренные ученики научились контролировать и управлять своими удивительными способностями в интересах человечества. Но не все мутанты разделяют взгляды профессора: могущественный мутант Магнето (Иэн Маккеллен), мастер магнетизма, которому подвластно управление всеми металлами, собрал команду единомышленников. Он не верит, что люди и мутанты когда - либо смогут мирно сосуществовать, и разработал план по захвату власти над миром. И только ученики профессора Ксавьера смогут защитить этот мир...