Поки залишки армії Зіона б’ються з безжалісними машинами, агент Сміт виходить з-під контролю своїх колишніх господарів і завойовує світ Матриці. Нео вирушає до міста машин, зустрічається з «комп’ютерним богом» і укладає з ним угоду. Долі людей та їх механічних противників залежать від результату двобою Нео зі Смітом...

Нео, Морфей та Трініті намагаються захистити підземне місто Зіон - останню схованку людей, про існування якої нарешті дізнались безжалісні машини. Для цього героям потрібно проникнути у світ Матриці і перезавантажити її.

Хакер Томас Андерсон одного дня опиняється перед вибором, запропонованим таємничими незнайомцями. Він може продовжувати жити у своєму звичайному світі, який насправді — лише сон. Або ж поглянути в обличчя страшній реальності?