События происходят во вселенной, параллельной миру оригинального сериала «Девочка-волшебница Мадока★Волшебство».Ироха Тамаки — шестнадцатилетняя девушка, которая сражается с ведьмами в городе Такарасаки. Она не помнит ни о том, когда она заключила контракт девочки-волшебницы, ни о том, ради кого он был заключён. Так продолжается до тех пор, пока после одного из сражений ей не приходит видение во сне — оказывается, девушка стала волшебницей, чтобы излечить свою пропавшую сестру Уи от болезни.Желая выяснить, что случилось с сестрой, Ироха отправляется в Камихаму — таинственный город, в котором обитают одни из сильнейших ведьм. Многим являлись подобные видения, и поэтому ходят слухи о том, что только в этом городе девочка-волшебница способна обрести счастье и освободиться от сражений с ведьмами. Но что же на самом деле скрывает Камихама?

Любящая семья, надежные друзья, радость и печаль, смех и слезы — эти слова делают жизнь 14–летней Мадоки Канамэ, японской ученицы второго класса средней школы города Митакихара, такой, какую люди называют обычной и ничем не выделяющейся.Но все меняется, когда однажды ночью Мадока видит странный сон о таинственной темноволосой девочке, сражающейся против ужасного кошмара в мире, совершенно нереальном и невозможном на первый взгляд. На следующее же утро Мадока узнает о том, что к ней в класс переводится девочка по имени Хомура Акэми, чью необычную схватку и наблюдала ночью наша героиня. Их встреча приведет к инциденту, который навсегда изменит судьбу Мадоки.