The dark untold story of Steins;Gate that leads with the eccentric mad scientist Okabe, struggling to recover from a failed attempt at rescuing Kurisu. He decides to give up and abandons his lively scientist alter ego, in pursuit to forget the past. When all seems to be normal, he is seemingly pulled back into the past by meeting an acquaintance of Kurisu, who tells him that they have begun testing a device that stores the memory of a human and creates a simulation of them with their characteristics and personalities. Okabe begins testing and finds out that the simulation of Kurisu has brought back anguish and some new unexpected tragedies.Zero is a side story that explores events from the Beta Attractor Field's future that contribute in making the end of the original story possible.

Акихабара — интереснейшее место, где обитают самые разные люди — от слегка сдвинутых по фазе до больных на всю голову. Именно такая компания собралась в «Лаборатории проблем времени», что над лавкой старых телевизоров. Возглавляет ее «настоящий буйный», 18-летний Ринтаро Окабэ, сумасшедший ученый и борец с мировым заговором. В серьезном деле нельзя без хакера — вот и он, Итару Хасида, конечно же, толстяк и истинный отаку. Добрая фея лаборатории — Маюри Сиина, подруга детства Ринтаро, официантка мейд-кафе и фанатка косплея, а научную мощь бригады резко повысила юный гений Курису Макисэ, стосковавшаяся по интеллектуальным приключениям и простому человеческому теплу. Конечно же, ребятам удалось построить машину времени из микроволновки и барахла с ближайшей распродажи. Великие открытия делают любители — профессионалы строят «Титаники». Вот только потом началось такое, что «парадокс дедушки» нервно удалился курить в сторонку, а главный герой трижды проклял тот день, когда сдуру открыл «врата Штейна». Он был готов рисковать своей жизнью, но не чужими… Впрочем, сделанного, как известно, не воротишь. Или… все же можно?