В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте — каждый стал учеником одного из легендарных Саннин — трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ — нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.

В сериале «Наруто» рассказ ведётся о начинающих ниндзя, только-только окончивших академию и получивших «удостоверения» в виде повязок. Сразу же после окончания герои попадают во множество переделок и опасных ситуаций, находят друзей, встречают врагов.