Западные склоны горных хребтов Фьордленда относятся к одним из самых влажных регионов на планете. Климат в заповеднике — резко океанический. Температура зимой (в июле) составляет примерно 5 °C, летом (в январе) — около 23 °C. Склоны гор покрыты влажными тропическими лесами (сельва). В течение 200 дней в году здесь идут дожди, равномерно выпадающие в течение года. В связи с многочисленными и продолжительными осадками на морской поверхности во фьордах постоянно сохраняется 40-метровый слой пресной воды.