Не существует единого мнения о происхождении названия «Чистых прудов». По самой широко распространенной версии на месте нынешнего Чистого пруда в XVII веке находились «Поганые болота» или «Поганая лужа». Происхождение названия «Поганые болота» также доподлинно неизвестно. Основная версия гласит о том, что «поганым» пруд стали называть за то, что в него сбрасывали нечистоты и отходы из располагавшихся рядом на Мясницкой улице мясных лавок.