Работал заместителем главного редактора журнала «Иностранная литература» (1994—2000), главный редактор 20-томной «Антологии японской литературы», председатель правления мегапроекта «Пушкинская библиотека» (Фонд Сороса). Работал в издательстве «Иностранка», является составителем серии «Лекарство от скуки». С 1998 года пишет художественную прозу под псевдонимом «Б. Акунин». Расшифровка «Б» как «Борис» появилась через несколько лет, когда у писателя стали часто брать интервью. Японское слово «акунин» (яп. 悪人), по словам одного из литературных героев Чхартишвили (в романе «Алмазная колесница»), переводится как «негодяй, злодей», но исполинских масштабов, другими словами, выдающаяся личность, стоящая на стороне зла. Критические и документальные работы публикует под своим настоящим именем.