Во время Гражданской войны в США (1861—1865 гг.) Морган торговал оружием. Позднее дело об этих торговых операциях расследовала комиссия Конгресса, но Морган ушёл от ответственности, используя связи в правительстве. Как и многие богатые люди того времени, Джон Морган избежал призыва на военную службу внеся 300 долларов официальных отступных[6].