Машинариум — традиционный point-and-click-квест. Наиболее радикальным отличием от других игр жанра является то, что взаимодействовать можно только с теми объектами, которые находятся в зоне досягаемости персонажа, а также то, что можно растягивать или ужимать тело протагониста, что вносит свои коррективы в «традиционность». Игра не содержит привычных диалогов, используя вместо них систему анимированных «облачков мыслей».