La protagonista es Miaka Yūki es una adolescente irresponsable, glotona y sentimental que aspira (aunque todos crean que le resultará muy difícil), entrar al prestigioso instituto Jokan. Cuando su mejor amiga, Yui Hongo, una chica que es la contraparte de Miaka (ya que es buena en los estudios, no piensa en la comida y no se comporta de modo tan infantil), necesita ir a la biblioteca, Miaka la acompaña.
Cuando a Miaka se le cae una moneda bajo la máquina de gaseosas, ve a un pájaro rojo que entra en una sala. Al entrar a la sala prohibida en que vio entrar al pájaro, aparece su amiga Yui y cae de la estantería un libro escrito en Chino el cual lleva por nombre, El universo de los Cuatro Dioses, y está escrito en el idioma que Yui sabe leer. Al leerlo en voz alta, de repente ambas aparecen en un lugar extraño, allí unos traficantes de esclavos aparecen, pero en esa situación aparece Tamahome, un chico que sólo las salva porque creía que le pagarían; él tiene el signo del ogro/demonio en su frente. Tras esto Yui desaparece y aparece en la biblioteca. Mientras Miaka comienza su aventura, Yui lee lo que le sucede a su amiga mediante el libro y todo lo que a Miaka le ocurre dentro del libro, le sucede a Yui. Por ejemplo, cuando Miaka se tira al estanque Yui aparece mojada, cuando a Miaka la hieren, Yui siente el mismo dolor y la señal de la herida, etc.
Miaka intenta apegarse a Tamahome, quien al final termina aceptando protegerla y termina enamoradose de la joven. Cuando quiedan encerrados en la celda ambos escapan pero en el trayecto Miaka desaparece del lado de Tamahome a causa que huele a comida, hambrienta Miaka se adentra a la cocina. Después de salir de la cocina se da cuenta que esta sola y en eso se encuentra con Hotohori. Y es así como ella se da cuenta que está en el mundo del libro, en el país de Konan y que Hotohori, es el emperador de ese país.
Más tarde Miaka decide volver a su mundo, pero al volver Yui no está. Regresa al mundo del libro pero inesperadamente aparece en el país vecino de Konan, Kutou. Yui, después de sufrir una desagradable experiencia en la que estuvo a punto de ser violada, cree que Miaka la traicionó y por eso decide vengarse, por lo que, contra todo pronóstico, se convierte en la sacerdotisa del Dios Seiryū y por extensión, recibe a sus propios guardianes, entre ellos uno de nombre Nakago el cual se ha aprovechado del quiebre emocional de Yui para ponerla en contra de Miaka y así manipularla y alimentar ese odio. Cegada por la furia por la supuesta traición de su amiga, Yui quiere invocar al Dios Seiryū antes que Miaka pudiera invocar en su caso a Suzaku para volver a su mundo y estar junto a Tamahome.
Así comienzan las aventuras de Miaka en el mundo dentro del libro, donde ella deberá madurar y a fuerza de voluntad, superar todas las pruebas que se le pongan en el camino para estar junto a Tamahome y recuperar a su amiga Yui de las manos manipuladoras de Nakago durante la primera parte de la serie.
