Decyfer Down сформировались в 1999 году гитаристом Брендоном Майлсом и ударником Джошом Оливером. Играя сначала акустический рок, позже группа переключилась на более тяжёлый саунд. Брат барабанщика, Калеб Оливер, занял место бас-гитариста группы, но в 2002 году его сменил Крис Клонтс. Его приход в коллектив ознаменовался новым звучанием, и группа начала играть рок в стилистике таких групп, как Puddle of Mudd, Breaking Benjamin, Crossfade и Adema.
Первый релиз Decyfer Down выпустили в 2006 году, им стал дебютный альбом «End of Grey». Вышел он в знаменательный день 6 июня 2006 года (666). Все выпущенные с альбома синглы — «Fight Like This», «Burn Back the Sun», «No Longer» and «Life Again», достигли первого места в американском «Christian rock chart». Сам альбом занял #43 в «Top Christian Albums». На песню «Fight Like This» был снят клип.