Події відбуваються у всесвіті, паралельному світові оригінального серіалу «Дівчинка-чарівниця Мадока Маґіка».Іроха Тамакі — шістнадцятирічна дівчина, яка б’ється з чаклунками в місті Такарасакі. Вона не пам’ятає ані про те, коли вона уклала контракт з Кубі, ні про те, заради кого він був укладений. Так триває доти, поки після одного бою їй в голову приходить видіння уві сні — виявляється, дівчина стала чарівницею, щоб вилікувати свою зниклу сестру Уі від хвороби.Бажаючи з’ясувати, що сталося з сестрою, Іроха прямує до Каміхами — таємничого міста, в якому живуть одні з найсильніших чаклунок. Ходять чутки про те, що лише тут чарівниця здатна знайти щастя і звільнитися від боротьби з чаклунками.

14-тирічна Мадока Канаме спокійно жила в сучасній японській сім’ї з мамою — діловою жінкою, татом — господарем дому і маленьким братиком. Все змінив один неясний сон, в якому темноволоса дівчинка билася зі силами зла в якомусь фантасмагоричному світі. Звісно, зранку Мадока побачила її в школі і нова знайома на ім’я Хомура Акемі прямим текстом заявила — не варто лізти не в свої справи. Шкода, ці справи самі почали лізти до неї і ось уже чародійка-старшокласниця рятує їх від сил зла, а маленька дивна істотка пропонує їм укласти контракт і стати чарівницями. Чи погодиться Мадока на цю пропозицію?