В альтернативному сьогоденні Токіо вразила серія загадкових терористичних атак. Єдиним натяком на злочинця було хлоп’яцьке відео, завантажене в інтернет, хоча і здавалося це простим збігом. Поліція була збита з пантелику цим відео, та не в змозі була зупинити розповсюдження параної серед населення. У той час, коли світ розшукує винуватців трагедії, двоє загадкових дітей — яких взагалі не мало б існувати — майстерно втілюють свій грізний план. Приречені йти по світу з іменами Дев’ять та Дванадцять, ці двоє об’єднуються, аби створити «Сфінкс» — підпільне угрупування, спрямоване на те, щоб розбудити людей від дрімоти та спустити курок по цьому світові.

Каґеяма Шіґео (відомий як 'Моб') - восьмикласник із телекінетичними здібностями. Він з дитинства вмів згинати ложки та пересувати предмети силою думки. Однак із часом він припиняє користуватися своїми здібностями через невдоволення оточення, яке лише зростає. Тепер єдине його бажання - потоваришувати зі своєю однокласницею Цубомі. Зі своїм наставником, котрий не має жодних здібностей, він намагається знайти та зрозуміти мету свого життя.

Нашего героя, Ацуси Накадзиму, выгнали из приюта. Стоя у реки, он думал о голодной смерти, но вместо этого спас самоубийцу. Этот недовольный своим спасением человек, Дадзай Осаму, оказалось, состоит в "Вооруженном детективном агентстве", все работники которого обладают сверхъестественными способностями. Они берутся за самые опасные дела, где справиться не могут даже армия и полиция. И в настоящий момент Дадзай с напарником, Куникидой Доппо, занят расследованием нападений тигра-людоеда, появившегося в городе примерно в то же время, когда сюда пришел Ацуси. Поняв, что Ацуси как-то связан с происходящим, Дадзай нанимает его помочь с этим делом.

Ніщо не віщувало біди, того фатального дня, коли раптовий сліпучий спалах знищив людство, перетворивши всіх людей на камінь. З тієї катастрофи минуло кілька тисячоліть, і старшокласник Тайджю Окі прокинувся від вічного кам’яного сну і побачив навколо тільки скам’янілі статуї. Однак в цьому новому світі він зовсім не один. Кілька місяців тому прийшов до тями і його друг Сенку Ішіґамі — науковець. Сенку не просто не розгубився — він вижив, і у нього вже зародився грандіозний план — він хоче дати шанс людству відродитися.

Віолета Еверґарден, юна дівчина, раніше відома як «зброя», залишає поле бою і починає нове життя, працюючи в поштовій службі Автозапам’ятовуючою лялькою, оформлюючи людські думки в слова. Вона стикається з різними людськими емоціями і різними формами любові. І весь цей час Віолета намагається зрозуміти значення сказаних їй слів.

Порушивши головну заборону Алхімії і спробувавши воскресити маму, талановиті брати Елрікі заплатили високу ціну: молодший, Альфонс, втратив тіло, і тепер його душа прикріплена до сталевих обладунків, а старший, Едвард, позбувся руки і ноги, тому йому доводиться користуватися протезами - автобронею. Завдяки виявленим здібностям Ед отримав звання державного алхіміка і, таким чином, став частиною військової машини держави. Тепер у нього є шанс повернути Алу колишнє тіло. Попереду мандри і пригоди, розгадки страшних таємниць і нескінченні битви...У порівнянні з першою екранізацією, в оновленому «Сталевому алхіміку» дизайн персонажів став більш «дорослим». У цілому це більш динамічний твір. З першої ж серії героїв кидає у вир подій: різанина в Іштварі, боротьба відступників з Армією і фюрером Бредлі, гомункули і численні «натяки» на подальший розвиток історії.Майже повністю зберігся ансамбль сейю, і залишилися колишні характерні риси героїв, але тут вже інший склад епізодів, які грають ключову роль у формуванні образів і пояснюють суть того, що відбувається. Знову серйозну атмосферу розріджують жартівливі вставки, але скоротилися світлі моменти щасливого життя, тому серіал здається більш похмурим. Більше уваги приділено другорядним і третьорядним персонажам, особливо військовим. Що стосується сюжету, то основні теми залишилися незмінними: пошуки Філософського Каменя, розплата за скоєне, політика і підступні плани загадкових ворогів.