Фільм розповідає про те, як сформувалися професор Ксавье і Магніто, про процес заснування школи Ксавье для дітей-мутантів і, нарешті, про те, що сталося між двома нерозлучними друзями і чому ж вони посварилися.

Фільм розповідає про шалене і романтичне минуле Росомахи. Через свої зв'язки з різними мутантами він дізнається кілька легенд про світ Людей Ікс...

На цей раз Людям Ікс на чолі з професором Чарльзом Ксавьє доводиться вступити в битву з самою еволюцією в особі їх воскреслого товариша по команді ... Джейн Грей, яка відроджена у вигляді Темного Фенікса і представляє небезпеку не тільки для самої себе, але і для мутантів і для всієї людської раси. А коли нарешті знайдено можливі ліки — те, що може звернути генетичні мутації — настає час вирішальної битви між Людьми Ікс, Братством Магнето і людством.

Мутанти продовжують боротьбу проти суспільства, яке їх лякає і якому вони не довіряють. Їхнє положення стає ще більш безвихідним, коли на президента нападає невідомий, що володіє екстраординарними здібностями. Раптовий напад знову стає причиною політичного й суспільного резонансу із приводу введення реєстрації мутантів і причиною утворення руху проти мутантів, очолюваного Вільямом Страйкером, колишнім військовим, який нібито проводив експерименти над мутантами.

Кожні десять мільйонів років еволюція робить різкий стрибок, породжуючи цілу серію мутацій у живих істот, які творять нову породу людей. Такий стрибок припадає саме на наші дні, точніше століття, після чого виникає ціле покоління так званих "людей - х", мутантів, кожний із яких наділений якимись здібностями. Очолює хороших "людей Х" якийсь професор X. Йому ж належить ідея створення спеціалізованої школи мутантів, де підлітків, що виявляють незвичайні здібності, вчать контролювати їх і направляти на користь собі й оточуючим.