Merc Storia takes places in a world where humans and monsters coexist. The protagonist, Yuu, is a healer apprentice and possesses the ability to tame monsters. In a quest to regain the memories of Merc, a girl confined in a bottle, the pair embarks on a journey.

У найближчому майбутньому гігантський метеорит падає на Землю. Усе живе, включаючи людство, стирається з лиця планети. Уряд, який передбачив цю подію, вжив заходів щодо найгіршого сценарію. Зокрема, він створив проект «7 НАСІНИН», в якому було 5 команд по 7 чоловік в кожній (Весна, Літо А, Літо Б, Осінь і Зима). Кожного учасника занурили в кріогенний сон в надії забезпечити існування людства.Коли ці чоловіки та жінки прокинулися, вони побачили, що опинилися в жорстокому світі. Відгорювавши втрату близьких, вони шукають шляхи до виживання.

Ацко Каґарі у дитинстві потрапила на магічне шоу, де виступала відьма Шайні Черіот. Відтоді вона мріє стати такою, як вона, і чарувати так само. Але для цього потрібно вчитися. І тому батьки відправляють її до Академії Луна Нова, де колись вчилася її кумирка. Акко нічого не знає про магію, тому їй слід із найгіршої відьми в історії перетворитися в найкращу.