Серіал присвячений розкриттю злочинів, які розслідує спеціальний агент ФБР Сілі Бут за допомогою команди антропологів з Джефферсонський інституту (алюзія на Смітсонівський інститут) під керівництвом доктора Темперенс Бреннан на прізвисько «Кістки». Доктор Бреннан і її команда, як правило, отримують справи, де від тіла вбитого залишилися тільки кістки або ж розкладені залишки. Крім злочинів у серіалі також розкриваються особисті взаємини між основними персонажами, включаючи потенційний роман між Бутом і Бреннан. Літературною основою персонажів серіалу є цикл детективних романів Кеті Райкс, головною героїнею яких є доктор Бреннан. Наразі опубліковано 12 книг. Кеті Райкс є дипломованим антропологом, яка здійснювала судмедекспертизи для ФБР, і образ доктора Бреннан в книгах багато в чому є її альтер-его. Кеті Райкс також виступає продюсером даного серіалу. У серіалі Бреннан теж пише детективніромани, причому героїню її романів звуть Кеті Райкс.

У процесі розслідування вбивства детектив Кейт Бекет (Стана Катіч) помічає схожість місця злочину зі змальованими в детективах відомого письменника Річарда Касла (Натан Філліон). Касл стає підозрюваним, проте при подальшому розгляді справи він виявляється не причетним. Маючи дружні стосунки з мером та іншими впливовими людьми міста Касл напрошується бути присутнім на всіх розслідуваннях, які проводитиме детектив Бекет, доки не збере матеріал для своєї майбутньої книги.

Ведьмы, оборотни… Наши предки преследовали их и беспощадно уничтожали. Но потомки этих исчезнувших цивилизаций и сейчас обитают в магическом Тайном городе, который много тысяч лет существует на территории Москвы и сокрыт от глаз обычных людей защитными чарами. Но некоторым все же удастся в него заглянуть, и даже — освоиться в Тайном Городе.