Дія аніме відбувається у світі, що дуже схожий на середньовічну феодальну Японію. На території великої країни у потаємних місцях сховано кілька селищ, що воюють одне з одним. У цих селищах у ролі військових виступають спеціально навчені...

У світі Наруто непомітно промайнули два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених шинобі в ранзі тюнінів і джонінів. Головні герої не сиділи склавши руки - кожен став учнем одного з легендарних санінів - трьох великих ніндзя...