Агент Джей дізнається, що ніякого захисного галактичного щита, здатного відбити іноземний удар, не існує. Агент Кей не побудував його, тому що був убитий в 1969 році. Агент Джей повинен здійснити подорож у часі, щоб врятувати Землю і життя напарника.

«Люди в чорному 2» продовжує розповідь про пригоди двох елітних поліцейських - агента Кея (Чи Томмі Джонс) і агента Джея (Уїлл Сміт) серед інопланетян. З часу їх попередніх пригод пройшли чотири роки. Всі ці роки агент Кей вів розмірений спосіб життя, тоді як агент Джей продовжував безстрашно трудитися у рядах найсекретнішій організації в світі. Розслідуючи найзвичайнішу справу, агент Джей натикається на сліди диявольськи витонченої змови, задуманої Серліной (Лара Флінн Бойл), злобним монстром, що мешкає на Землі в образі сексуальнійшей моделі.

Лише люди в чорному знають найбільш захищену таємницю світу: наша земля кишить прибульцями. Одні з них мирно співіснують з нами, інших полюють, виганяють і, іноді, навіть вбивають. Такі роботу виконують двоє найкращих агентів - Джей та Кей. Але коли на Землю прибуває велетенський тарган, навіть найновіша зброя та техніка можуть не врятувати. Якщо зупинити монстра не вдасться - Землі кінець.