Минуло два роки з тої пори, як Віллі було випущено на волю. Під час канікул Джессі з батьками відправляється на узбережжя, де люди часто бачили самотню косатку. Зустріч старих друзів була радісною, але, на жаль, недовгою: старий танкер сів на мілину і нафта, що витікає з судна, поставила під загрозу життя Віллі і всіх інших мешканців океану.

Щоб отримати страховку за нібито випадково загиблого кита, власники океанаріуму вирішують вбити тритонну косатку на прізвисько Віллі. Але їх бездоганному плану не судилося збутися, адже на захист морського гіганта встає дванадцятирічний шибеник Джессі, який встиг подружитися з Віллі, і робить все, щоб врятувати свого надзвичайно розумного морського друга, випустивши його на волю у відкритий океан.