Виконуючи смертельно небезпечну рятувальну місію у космосі, Джин Ґрей зазнає впливу якоїсь космічної сили, що перетворює її на одного з найпотужніших мутантів у світі. Борючись із цією дедалі більш мінливою силою і одночасно з власними особистими демонами, Джин стає некерованою, руйнує сім’ю Людей Ікс і загрожує знищити саму матерію, з якої складається наша планета.

У недалекому майбутньому виснажений Логан піклується про хворого професора Ікс, який переховується неподалік від мексиканського кордону. Але спроби Логана сховатися від світу та від власного минулого зазнають краху із появою юного мутанта, якого переслідують темні сили.

Йому поклоняються, як Богу, від часів зародження цивілізації. Апокаліпсис, перший та наймогутніший мутант з марвелівського всесвіту Людей Ікс, увібрав у себе силу багатьох інших мутантів, ставши безсмертним та непереможним. Прокинувшись через тисячі років, він розчарований навколишнім світом і набирає команду могутніх мутантів, включаючи збентеженого Магнето (Майкл Фасбендер), аби очистити людство та створити новий світовий порядок, де буде царювати він сам. Доля Землі висить на волосинці - і Рейвен (Дженніфер Лоуренс) за допомогою Професора Ікс (Джеймс МакЕвой) мають очолити команду молодих Людей Ікс, аби зупинити свого найлютішого ворога та врятувати людство від суцільного знищення.

Люди Ікс відправляють Росомаху в минуле, щоб змінити хід важливої історичної події, яка може глобально вплинути на співіснування людей і мутантів.

Сюжет картини розгортається після подій фільму "Люди Ікс: Остання битва". Намагаючись залікувати душевні рани, Джеймс Логан, він же Росомаха, подорожує, зупиняючись лише щоб перекинути кілька чарчин у барі та роздати стусанів. За таких обставин його зустрічає дочка людини, яку Джеймс врятував від смерті. Врятований, який доживає останні дні, хоче віддячити Логану, обіцяючи позбавити його від безсмертя. Так пазуристий герой потрапляє у вир брехні і смертельної небезпеки, яка загрожує йому з боку Срібного Самурая, Гадюки та голови якудзи. Події минулого переслідують Росомаху, який, позбавлений безсмертя, стає ще більш небезпечним супротивником.

Фільм розповідає про те, як сформувалися професор Ксавье і Магніто, про процес заснування школи Ксавье для дітей-мутантів і, нарешті, про те, що сталося між двома нерозлучними друзями і чому ж вони посварилися.

Фільм розповідає про шалене і романтичне минуле Росомахи. Через свої зв'язки з різними мутантами він дізнається кілька легенд про світ Людей Ікс...

На цей раз Людям Ікс на чолі з професором Чарльзом Ксавьє доводиться вступити в битву з самою еволюцією в особі їх воскреслого товариша по команді ... Джейн Грей, яка відроджена у вигляді Темного Фенікса і представляє небезпеку не тільки для самої себе, але і для мутантів і для всієї людської раси. А коли нарешті знайдено можливі ліки — те, що може звернути генетичні мутації — настає час вирішальної битви між Людьми Ікс, Братством Магнето і людством.

Мутанти продовжують боротьбу проти суспільства, яке їх лякає і якому вони не довіряють. Їхнє положення стає ще більш безвихідним, коли на президента нападає невідомий, що володіє екстраординарними здібностями. Раптовий напад знову стає причиною політичного й суспільного резонансу із приводу введення реєстрації мутантів і причиною утворення руху проти мутантів, очолюваного Вільямом Страйкером, колишнім військовим, який нібито проводив експерименти над мутантами.

Кожні десять мільйонів років еволюція робить різкий стрибок, породжуючи цілу серію мутацій у живих істот, які творять нову породу людей. Такий стрибок припадає саме на наші дні, точніше століття, після чого виникає ціле покоління так званих "людей - х", мутантів, кожний із яких наділений якимись здібностями. Очолює хороших "людей Х" якийсь професор X. Йому ж належить ідея створення спеціалізованої школи мутантів, де підлітків, що виявляють незвичайні здібності, вчать контролювати їх і направляти на користь собі й оточуючим.