Події D.Gray-man розгортаються в Європі 19 століття і розповідають про Тисячолітнього Графа, що будує плани зі знищення світу за допомогою створених ним Акума (демонів) - людиноподібних істот, що являють собою живі знаряддя зла і поєднують у собі душу померлої людини та механічне тіло. Борються з цим Графом екзорцисти, що входять до складу Темної Релігійної Організації (Чорного Ордена). Екзорцисти - це особливі люди, наділені зв'язком з Чистою Силою, божественною субстанцією, створеною багато століть назад для того, щоб боротися із створіннями Графа. Відомо, що Чиста Сила у вигляді 109 частин розкидана по світу. Як тільки частини Чистої Сили почнуть взаємодіяти з відповідною людиною, вона перетворюється на зброю для боротьби з Акума. Головною ж метою Тисячолітнього Графа є пошуки так званого Серця Чистої Сили. Це особлива форма Чистої Сили, яка забезпечує існування всіх інших 109 частин. Знищення Серця призведе до знищення решти частин. За цим Серцем полює Граф і сім'я Ноя.

Молода магіня Люсі, тікає з дому і вирушає в країну Фіор, щоби вступити в магічну гільдію Хвіст Феї. По дорозі вона зустрічає Нацу, підліток шукає свого названого батька, дракона на ім'я Ігніл, зі своїм кращим другом - котом Хеппі. Незабаром після їх зустрічі, Люсі викрадають бандити, що видають себе за магів з Хвоста Феї. Нацу, який на справді є магом з Хвоста Феї, рятує її і запрошує приєднатися до гільдії.

Перед смертю король піратів, у якого було все - багатство, слава і влада - заховав скарб під назвою «Ван Піс». Хлопчик на ім'я Луффі вирушає у подорож по океану в надії знайти його. У відкритому морі він знайомиться з друзями, і вони потрапляють у безліч пригод, долаючи всі перешкоди в гонитві за своєю мрією

Історія починається в Токіо з ученицею старшої школи на ім'я Хіґурасі Каґоме. Її сім'я кілька поколінь володіє синтоїстським храмом, в якому і живе. Якось на шляху зі школи Каґоме заходить на невеличке будівництво, на території котрого знаходиться стара висохла криниця — її молодший брат Сота сказав їй що в криницю впав їх домашній кіт, Буйо, але сам Сота боїться туди спускатись. Коли Каґоме підходить до криниці, з неї на неї накидається демон-сороконіжка, вимагаючи віддати їй Камінь Чотирьох Душ. Каґоме насилу вдається відбитися від демона, але, коли вона вибирається з криниці, виявляється, що вона потрапила в середньовічну Японію (період Сенґоку) і зараз знаходиться в лісі. Поруч із криницею, пришпилений стрілою до дерева, спить юнак із собачими вухами.