Мандрівник у часі Джеймс Коул переміщається з 2043 року до наших днів для того, щоб зупинити смертельний вірус, створений загадковою організацією під назвою «Армія Дванадцяти мавп». Цей вірус, в оригінальному часовому проміжку Коула, спричинив загибель 93,6% світового населення. Коулу допомагатиме блискучий вірусолог Кассандра Рейлі.