Дія у мультсеріалі розгортаються на часовому проміжку між другим та третім епізодами фільму "Зоряні Війни". Кожна серія описує невеликий період Війн Клонів. На передових позиціях міжгалактичної війни Добра і Зла знову Енакін Скайуокер, Обі-Ван Кенобі, Падме Амідала, а також падаван Енакіна - Асока, з іншого боку їм протистоять Палпалатін, граф Дуку й генерал Грівус.