Сюжет «Зоряної брами: Атлантида» розгортається після фіналу сьомого сезону т/с «Зоряна брама: SG-1», епізоду «Загублене місто», і прем'єрного епізоду восьмого сезону «Новий лад». За сюжетом оригінального серіалу, земляни шукали Атлантиду — місто іншопланетної раси, відомої як Древні, щоб протистояти ґоа'улдам. В результаті на Землі було знайдено форпост, помилково прийнятий за Атлантиду. У пілотному епізоді спін-оффу командування Зоряних брам посилає міжнародну дослідницьку команду на форпост, де доктор Даніел Джексон виявляє вказівки на місцезнаходження справжньої Атлантиди, однак не на Землі, як очікувалося, а в іншій галактиці. Подальші події серіалу зосереджені на пригодах експедиції, посланої на дослідження міста Атлантиди і її галактики.