Адмірал Кірк переживає важку втрату — смерть свого помічника і друга Спока. Одночасно з цим у його найкращого друга, доктора МакКоя настає душевний розлад. Ситуацію прояснює Сарек, батько Спока. За його словами, Спок живий і його розум поміщений в тіло МакКоя. Існує і спосіб допомогти друзям. Для його здійснення Кірк викрадає свій колишній корабель «USS Enterprise», нині списаний, і летить на планету Генезис, порушуючи встановлений на ній карантин. Одночасно до Генезису вилітає бойовий клінгонський корабель під командуванням капітана Крюг.