Потонулий в злочинності Нью-Йорк потребує героїв, тому що ні політики, ні поліція вже не служать на благо народу. Практично всі важливі міські структури перебувають під залізним кулаком такого собі Шредера. Злодій є керівником угрупування під назвою Фут-Клан, який ніхто не може зупинити. Несподівано жителі Нью-Йорку знаходять порятунок в особі чотирьох братів, вигляд яких багатьом може здатися моторошним і неприємним. Щоправда, мало хто знає хто вони і звідки взялися, враховуючи що герої ховаються в лабіринті каналізацій. Разом з репортером Ейпріл О'Ніл черепашки-ніндзя просто зобов'язані зруйнувати всі жорстокі і несправедливі плани Шредера.