Шінджі Ікарі отримує дзвінок від батька з офісу NERV — організації, що воює з таємничим ворогом. Остання надія людства у цій війні — євангеліон. Це людиноподібна зброя, і за велінням долі чомусь саме Шінджі, замкненому юнакові, що страждає психологічними проблемами, судилось стати його пілотом…