Jason Bourne sigue investigando quién es y qué hay realmente detrás del programa secreto de la CIA llamado Treadstone. Ahora un reportero británico de "The Guardian" le pone sobre una nueva pista con el nombre de Blackbriar. Bourne dará con él en Londres, en un intento de encajar las últimas piezas de ese pasado que él aún intenta recuperar.

El pasado de Jason Bourne vuelve por él. En la segunda entrega de la saga de tres películas basadas en la vida de Jason Bourne, un ex agente de la CIA que pierde la memoria y mientras lucha por recuperarla y lograr saber quién es en realidad, se ve involucrado en una red de espionaje y manipulación de gobiernos por parte de los Estados Unidos donde será perseguido por asesinos profesionales, mercenarios paramilitares, y ex compañeros de la CIA.La película comienza en Goa, India, donde Jason y Marie se han ido a vivir para esconderse de Treadstone, pero allí un antiguo agente de la compañía les localiza y persigue. Jason Bourne comienza su aventura para descubrir su pasado recordando parte de este, y persiguiendo al agente, que además se está haciendo pasar por él.

Un hombre amnésico es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. Carece de identidad y de pasado, pero posee unas serie de talentos extraordinarios en artes lingüísticas, marciales y de autodefensa que sugieren una profesión de riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso.