En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".

La historia gira en torno a Shouko, una chica sorda que, al llegar a su nuevo colegio, es despreciada por sus compañeros y sobretodo por Shouya, un chico que también sufrirá acoso escolar después. Años más tarde, Shouya se siente en la obligación de reencontrarse con Shouko.

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

Sophie es una joven de 18 años que trabaja sin descanso en la tienda de sombreros de la familia. En uno de sus frecuentes paseos conoce al enigmático mago Howl, lo que despierta la ira de la Bruja del Páramo, que odia a Howl con todas sus fuerzas. Cuando Sophie vuelve a la tienda, la Bruja se hace pasar por una clienta para acercarse a ella y lanzarle un hechizo… ¡que convierte a Sophie en una anciana de 90 años! Sophie, que no puede revelar su auténtica identidad, recurre a Howl para buscar una solución a su problema. Para ello se embarca en un viaje fantástico en el castillo ambulante del mago, habitado por personajes de lo más curioso. Sophie necesita ayuda pero quizás sea Howl el que realmente está en apuros.