La historia se desarrolla en la ciudad de Kamihama. Allí, guiadas por un extraño poder, se reúnen chicas mágicas para combatir entre ellas y hacerse con un nuevo poder extraído de las brujas.Iroha Tamaki es una joven cuya hermana menor sufre de cierta enfermedad y su deseo a cumplir como chica mágica es salvarla. Madoka Kaname llega buscando a su amiga Homura, quien está desaparecida.

Ella tiene una familia amorosa y mejores amigos, se ríe y llora de vez en cuando ... Madoka Kaname, estudiante de octavo grado de la escuela intermedia Mitakihara, es una de esas personas que vive una vida así. Un día, ella tuvo un encuentro muy mágico. Ella no sabe si sucedió por casualidad o por el destino todavía. Este es un encuentro fatídico que puede cambiar su destino. Este es el comienzo de la nueva historia de las brujas mágicas.