Tras la impotencia de no poder salvar a Makise Kurisu en esta línea de universo Beta, las vidas de Okabe y el resto tienen que volver a la normalidad. Okabe asiste un día a un seminario y allí conoce al profesor Alexis Leskinen y a Maho Hiyajo, los cuales participaban en el mismo equipo que Kurisu en su investigación sobre Neurociencia en la Universidad Viktor Chondria. Así es como ambos le presentan su proyecto, el sistema “Amadeus” con el que persiguen poder digitalizar los recuerdos de los seres humanos y almacenarlos dentro de un ordenador. Es entonces cuando la vida de Okabe cambiará por completo al descubrir que dentro de Amadeus se encuentra guardada una réplica digital de la ya fallecida Makise Kurisu.

Okabe Rintarou es un joven que se define a sí mismo como científico loco. Juntos con sus amigos Mayuri y Daru, forma parte el “Laboratorio de Dispositivos del Futuro” una especie de laboratorio clandestino en un pequeño apartamento. Okabe y Mayuri acuden a una conferencia sobre viajes temporales cuando se topan con lo que parece ser un asesinato. Okabe huye espantado mientras avisa a Daru del crimen cuando, de repente, Okabe cambia el pasado evitando el asesinato. ¿Cómo lo ha hecho? ¿Qué consecuencias tendrá este cambio?