Tercera entrega de las aventuras del joven Peter Parker (Maguire). Parece que Parker ha conseguido por fin el equilibrio entre su devoción por Mary Jane y sus deberes como superhéroe. Pero, de repente, su traje cambia volviéndose negro y aumentando sus poderes; también Peter se transforma, sacando el lado más oscuro y vengativo de su personalidad. Bajo la influencia de este nuevo traje, Peter deja de proteger a la gente que realmente lo quiere y se preocupa por él. En estas circunstancias, no tiene más remedio que elegir entre disfrutar del tentador poder del nuevo traje o seguir siendo el compasivo héroe de antes. Mientras tanto, dos temibles enemigos, Venom y el Hombre de Arena, utilizarán sus poderes para calmar su sed de venganza.

Han pasado dos años desde que el tranquilo Peter Parker dejó a Mary Jane Watson, su gran amor, y decidió seguir asumir sus responsabilidades como Spider-Man. Peter debe afrontar nuevos desafíos mientras lucha contra el don y la maldición de sus poderes equilibrando sus dos identidades: el escurridizo superhéroe Spider-Man y el estudiante universitario. Las relaciones con las personas que más aprecia están ahora en peligro de ser descubiertas con la aparición del poderoso villano de múltiples tentáculos Doctor Octopus, "Doc Ock". Su atracción por M.J. se hace más fuerte mientras lucha contra el impulso de abandonar su vida secreta y declarar su amor. Mientras tanto, M.J. ha seguido con su vida. Se ha embarcado en su carrera de actriz y tiene un nuevo hombre en su vida. La relación de Peter con su mejor amigo Harry Osborn se ha alejado por la creciente venganza de Harry contra Spider-Man, al que considera responsable de la muerte de su padre.

Peter Parker es un joven y tímido estudiante que vive con su tía May y su tío Ben desde la muerte de sus padres. Un día es mordido por una araña que ha sido modificada genéticamente, descubriendo al día siguiente que posee unos poderes poco habituales: tiene la fuerza y agilidad de una araña.