Comienzo de la saga de los X-Men, esta es una historia secreta que alude a conocidos acontecimientos mundiales. Antes de que los mutantes se mostraran al mundo, y antes de que cambiaran sus nombres por los de Profesor X y Magneto, Charles Xavier (James McAvoy) y Erik Lehnsherr (Michael Fassbender) eran dos jóvenes que descubrían sus poderes. No había animadversión alguna entre ellos, sino que les unía una sincera amistad y la decisión de trabajar juntos y entrenar a un grupo de jóvenes mutantes para evitar el Armagedón nuclear. Su enemigo común: el malvado Sebastian Shaw (Kevin Bacon), un humano con poderes con el que Erik tiene una cuenta pendiente.

Precuela de la película X-Men. Situada 17 años antes, narra los inicios del arma X y la forma en la que Wolverine se convirtió en mutante. Logan, convertido en un mutante que se hace llamar Wolverine, y que es capaz de sacar unas afiladas garras y de una fuerza y agilidad sobrehumana, ultima su venganza contra Victor Creed, culpable de la muerte de su novia. Mientras tanto, otros mutantes se acogen al programa X para unir sus fuerzas.

En X-Men: La decisión final, el último capítulo de la trilogía cinematográfica de los "X-Men", hay una "cura" para los mutantes que amenaza con alterar el curso de la historia. Por primera vez, los mutantes pueden elegir: seguir con su singularidad, aunque eso les aísle y les separe, o renunciar a sus poderes y convertirse en seres humanos normales. Los opuestos puntos de vista de los líderes mutantes, Charles Xavier, que aboga por la tolerancia, y Magneto, que cree en la supervivencia de los más aptos, se ven sometidos a la prueba definitiva: desencadenar la guerra que pondrá fin a todas las guerras...

Los mutantes son seres humanos con alguna variación genética que les dota de características especiales. También son la más moderna minoría perseguida del mundo. En medio de un clima de rabia y persecución, el profesor Xavier ha creado un instituto, un refugio, para estos seres poderosos. En este lugar los iniciados son preparados para aceptar y dominar sus habilidades, y ponerlas al servicio de la tolerancia y el combate contra la creciente histeria colectiva que está amenazando con su existencia. Pero la reputación de los mutantes será todavía peor cuando uno de ellos lanza un devastador ataque, lo que conlleva causas una pública recriminación hacia todos ellos y nuevos poderes para la Mutant Registration Act y William Stryker, un líder militar que pretende acabar con todos ellos centrándose en la escuela de X-Men.

En un futuro cercano, la humanidad comienza a ver aparecer una nueva raza; los mutantes. Dotados de extraños y variados poderes, están agrupados en dos bandos: los que abogan por la integración y el entendimiento con la humanidad, encabezados por el doctor Charles Xavier, y los que buscan el enfrentamiento con una raza que consideran inferior y que les odia, dirigidos por Magnus, alias Magneto, un peligroso mutante con extraordinarios poderes.