Precuela de la trilogía "El Señor de los Anillos", obra de J.R.R. Tolkien. En compañía del mago Gandalf y de trece enanos, el hobbit Bilbo Bolsón emprende un viaje a través del país de los elfos y los bosques de los trolls, desde las mazmorras de los orcos hasta la Montaña Solitaria, donde el dragón Smaug esconde el tesoro de los Enanos. Finalmente, en las profundidades de la Tierra, encuentra el Anillo Único, hipnótico objeto que será posteriormente causa de tantas sangrientas batallas en la Tierra Media.

Las fuerzas de Saruman han sido destruidas, y su fortaleza sitiada. Ha llegado el momento de que se decida el destino de la Tierra Media, y por primera vez en mucho tiempo, parece que hay una pequeña esperanza. La atención del señor oscuro Sauron se centra ahora en Gondor, el último reducto de los hombres, y del cual Aragorn tendrá que reclamar el trono para ocupar su puesto de rey. Pero las fuerzas de Sauron ya se preparan para lanzar el último y definitivo ataque contra el reino de Gondor, la batalla que decidirá el destino de todos. Mientras tanto, Frodo y Sam continuan su camino hacia Mordor, a la espera de que Sauron no repare en que dos pequeños Hobbits se acercan cada día más al final de su camino, el Monte del Destino.

La Compañía del Anillo se ha disuelto. El portador del anillo Frodo y su fiel amigo Sam se dirigen hacia Mordor para destruir el Anillo Único y acabar con el poder de Sauron. Mientras, y tras la dura batalla contra los orcos donde cayó Boromir, el hombre Aragorn, el elfo Legolas y el enano Gimli intentan rescatar a los medianos Merry y Pipin, secuestrados por los ogros de Mordor. Por su parte, Saurón y el traidor Sarumán continúan con sus planes en Mordor, en espera de la guerra contra las razas libres de la Tierra Media.

En la Tierra Media, el Señor Oscuro Saurón creó los Grandes Anillos de Poder, forjados por los herreros Elfos. Tres para los reyes Elfos, siete para los Señores Enanos, y nueve para los Hombres Mortales. Secretamente, Saurón también forjó un anillo maestro, el Anillo Único, que contiene en sí el poder para esclavizar a toda la Tierra Media. Con la ayuda de un grupo de amigos y de valientes aliados, Frodo emprende un peligroso viaje con la misión de destruir el Anillo Único. Pero el Señor Oscuro Sauron, quien creara el Anillo, envía a sus servidores para perseguir al grupo. Si Sauron lograra recuperar el Anillo, sería el final de la Tierra Media.

La película comienza con la fuga de un extraño y poderoso extraterrestre llamado Boris el animal. Es el último superviviente de la raza alienígena boglodita, que sobrevive mediante el ataque, toma, y ocupación de otros planetas habitados. Boris es un asesino, que fue capturado por el agente K y encarcelado en una prisión secreta en la Luna. K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arca Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra burlar la seguridad y destruir gran parte de la cárcel, para escapar y vengarse de K.

Después del abandono del agente K (Tommy Lee Jones), el agente J (Will Smith) no considera su trabajo igual: Ambos formaban parte de un organismo secreto que lucha contra los extraterrestres que, sin que el resto de los mortales lo sepan, pueblan la Tierra. La misión de los hombres de negro, como se les conoce por sus atuendos, es, en ocasiones imponer el orden y en otras luchar directamente contra quienes tienen pretensiones de hacer daño al planeta Tierra. Pero el agente K prefirió perder la memoria para volver con su esposa y llevar una vida normal. Ahora no hay esposa pero es un amable agente de correos. El agente J, que considera a K como su maestro, le echa mucho de menos y no termina de adaptarse a sus nuevos compañeros. Pero algo va a cambiar los acontecimientos: una peligrosa extraterrestre llamada Serleena (Lara Flynn Boyle)

Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son unos agentes, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas. Ahora dos de estos agentes, uno veterano y otro recién incorporado, y que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.