Katsuhira Agata es un adolescente tranquilo y reservado cuyo sentido del dolor ha desaparecido. Su amigo, Chidori Takashiro, sólo puede recordar vagamente los días antes de Katsuhira había sufrido este cambio profundo. Ahora, su comportamiento amortiguado y complaciente a hacer Katsuhira un objetivo constante para los agresores, quienes lo explotan por sumas de dinero graves. Pero sus puños apenas se las arreglan para hacer de él un abrir y cerrar, ya que incluso las emociones están muy lejos de su alcance. Sin embargo, un día Katsuhira, Chidori, y otros cuatro adolescentes son secuestrados y obligados a unirse al Sistema Kizuna como oficiales "Kiznaivers." Los participantes están conectados a través del dolor: si un miembro se lesiona, los otros sentirán una cantidad igual de agonía. Estos individuos deben convertirse en las ratas de laboratorio y cabezas de turco de un sistema incompleto diseñado con la paz mundial en mente. Con sus destinos entrelazados, literalmente, los Kiznaivers debe exponer su verdadero ser el uno al otro, o el riesgo de no mucho más que el Sistema Kizuna.

El anime está ambientado en una historia alternativa en Japón en 1931, con el shogunato Tokugawa nunca abolido y el emperador Meiji nunca restaurado al poder. La trama seguirá las actividades de “Nue”, una organización de verdugos del shogunato que hacen cumplir las reglas del gobierno.

La historia tiene lugar en "Nearland", un parque temático donde "los sueños, la esperanza y la ciencia" coexisten como un parque temático de IA. El parque temático es donde nace la primera IA automatizada de tipo humano. Vivy es una IA que canta en el escenario para los asistentes al parque todos los días, ya que su directiva es "hacer felices a todos a través de la canción". Actúa de todo corazón para los asistentes al parque. Un día, una IA llamada Matsumoto aparece ante ella. Dice que ha venido de 100 años en el futuro con la directiva de "trabajar con Vivy para corregir la historia y detener la guerra entre la IA y los humanos que estalla dentro de 100 años". Comienza el viaje de 100 años de la cantante de IA Vivy.

El año es 2047. Los Estados Unidos han sido devastados por la lucha contra el D2. Takt, el director de orquesta, y Destiny, la artista musical, viajan juntos a Nueva York. En un mundo sin música, Takt la añora. Mientras tanto, Musicart Destiny espera acabar con el D2.

La historia tiene lugar en 1923, en un mundo alternativo donde los vampiros han existido dese hace mucho tiempo. Pero ahora, el número de estos ha aumentando y hubo de buscar una fuente de sangre. La solucíon fue la misteriosa sangre artificial llamada Ascra. A su vez, el gobierno japonés crea el «Código Cero», una unidad dentro del ejército encargada de acabar con las fuerzas vampíricas. ¿Y qué mejor manera de rastrear vampiros usando a otros vampiros?Esta unidad, creada por el teniente general Nakajima, ha estado históricamente vinculada al negocio de la guerra de información, pero ha sido reasignada para resolver la crisis de los vampiros. Depende de Código Zero y el vampiro Deffrot investigar este caso.

Capital Imperial, año 1930. Un extraño grupo de personas portando instrumentos musicales llega a la estación de Tokio. Son los “Jaegers”, y han llegado para dar caza a vampiros. Entre ellos hay un joven con una increíble serenidad y un aura diferente al resto: Yuliy, un joven hombre lobo cuyo pueblo natal fue destruido por los vampiros. Yuliy y los Jaegers se enzarzan en una mortal batalla por un misterioso arco sagrado conocido como “El arco de Sirius”. ¿Qué verdad les aguarda al final del camino?

La historia se centra en Fena Houtman, una huérfana que creció en una isla donde no hay esperanza de convertirse en otra cosa que un objeto, utilizado y descartado por los soldados del Imperio Británico. Sin embargo, Fena es mucho más que una esclava indefensa. Es por eso que, cuando resurge su pasado, decide romper las cadenas de sus opresores para lograr sus objetivos: forjar una nueva identidad, sin esclavitud y buscar un lugar donde pueda pertenecer verdaderamente y descubrir los verdaderos misterios detrás la palabra "Edén".