Shintarō Kisaragi es un joven hikikomori y nini de 18 años de edad quien, producto de una broma de Ene —una "chica virtual", virus informático que vive en su computadora—,​ derrama refresco de soda sobre su teclado y debe salir al mundo exterior, tras dos años encerrado, para comprar uno nuevo.2 Una vez llega al centro comercial, portando a Ene en su móvil, un grupo de criminales llega y toma a Shintarō y a otras personas como rehenes. Allí conoce a Kano​ y después al resto del "Mekakushi Dan",​ un grupo de jóvenes que debido a diversas situaciones poseen cada uno distintas habilidades oculares. Después de una plática de cómo Momo, la hermana menor de Shintarō, se unió al grupo, él descubre que Ene también se ha unido y entonces es forzado a sumarse también.

Ciel Phantomhive, Conde de Phantomhive y propietario de Juguetes Phantom, la compañía de juguetes más grande de la Inglaterra Victoriana, es un niño de 12 años y un amo exigente. Apesar de su corta edad, Ciel Phantomhive cuenta con la confianza total de la Reina Victoria para hacerse cargo de ciertos "casos" de í­ndole extraña. A su lado siempre está Sebastian Michaels, el perfecto mayordomo inglés en todos los sentidos, quien puede, de la manera más rápida y eficiente, tanto mantener la mansión en perfecto estado como derrotar a cualquier enemigo que se atreva a interponerse en su camino. Pero qué es exactamente lo que el Conde de Phantomhive busca, y cuáles son las verdaderas intenciones de Sebastian, son las cuestiones que en realidad absolutamente nadie conoce.

Paradise Kiss nos narra la historia de una chica llamada Yukari, estudiante de secundaria. Vive estresada por su madre para que tenga éxito con sus notas. Un buen día, caminando por la calle se encuentra con Arashi, un tipo con unas pintas un tanto raras que le dice que su cara es perfecta. Sorprendida, Yukari intenta escapar pero cae en manos de Isabella, un travesti que la lleva inconsciente al Atelier, el lugar de trabajo del grupo. Cuando despierta, se encuentra con Miwako, otra chica, que junto a los dos anteriores, le explica a Yukari que son un grupo de moda de la escuela Yazawa Gakuin, y le piden que sea su modelo para el show que organiza la escuela ese año.Mientras Yukari rechaza la oferta y se va del local, se encuentra con el diseñador del grupo, George. Éste recoge la tarjeta de estudiante que Yukari se deja en el local, y bajo esa excusa, va a buscarla y le introduce en el mundo de la moda, el mundo de Paradise Kiss. Asombrada por el estilo y el carisma de George, poco a poco se relaciona con el ambiente y acaba aceptando la oferta.

La historia se centra en Nakajima Atsushi, que fue expulsado del orfanato y no tiene ningún lugar al que ir. Por el camino se encuentra con Dazai Osamu y con su compañero Kunikida, miembros de una agencia de detectives con poderes sobrenaturales que se dedica a resolver peligrosos casos para la policía y el ejército. Los detectives que forman parte de la agencia son escritores famosos de la vida real, como Osamu Dazai y Doppo Kunikida.

Dos chicas de la misma edad y mismo nombre se conocieron en el tren para ir a Tokio. Sus nombres son NANA. Una de ellas es una chica que quiere ser famosa con su grupo de música y la otra quiere estar con su novio que vive en Tokio. Después de conocerse ellas deciden vivir juntas en Tokio. Komatsu Nana comienza su nueva vida en Tokio con su novio Shoji, y los amigos de allí, Junko y Kyosuke. Por otro lado, Osaki Nana se prepara para su debut como vocalista de un grupo de punk rock llamado... Popular serie anime que adaptaba un manga homónimo y que se transportó posteriormente a dos películas de imagen real.

El protagonista de Persona 5 tiene antecedentes penales, algo que marca su día a día incluso tras mudarse a Yongenyaja, barrio cercano a la metrópolis de Shibuya en Tokio. En el instituto Shujin también lo tendrán fichado como “chico problemático” pero, para su desgracia, se verá envuelto en un incidente que puede conseguir que lo expulsen del centro. Al mismo tiempo, el protagonista y otro compañero implicado, Ryuji Sakamoto, se ven transportados al mundo del subconsciente gracias a una misteriosa aplicación de navegación que aparece en sus móviles y allí conocerán a Morgana, un extraño ser con forma de gato que dice haber perdido sus recuerdos, y conseguirán la habilidad de invocar Personas. Desde este mundo del subsconsciente, los tres junto a la ayuda de An Takamaki, otra compañera del instituto, tendrán que robar el tesoro del Palacio creado por el subsconciente del verdadero culpable y así hacer que admita su culpabilidad en el mundo real. Este será sólo el inicio de los llamados ladrones fantasma de corazones, quienes prometen limpiar el mundo de los adultos corruptos.