La historia gira alrededor de cuatro chicas que deciden quedarse a dormir en el colegio: Yuki Takeya, una chica muy energética; Rumi, a quien le encanta su pala; Rurii, que reúne a todos; y Megu, la consejera escolar. Sin embargo, y por causas misteriosas, las chicas son las únicas supervivientes de un ataque zombie por lo que se ven obligadas a quedarse a vivir en el colegio.

Bokurano narra la historia de 15 niños, de edades comprendidas entre los 10 y 15 años, que se ven metidos en un "juego" para salvar el planeta de una invasión de monstruos que vienen de una galaxia muy lejana. Para ello cuentan con Zearth, un robot gigante que tendrán que pilotar para luchar.

Tratando de defender a una chica desprotegida, Shu Matsutani es transportado a otro mundo. Allí descubre que ha llegado a un país en guerra debido a la falta de uno de los recursos más importantes: el agua. La chica a la que Shu defendió, Lala-Ru, posee un collar que contiene una reserva de agua en su interior, por lo que el general Hamdo, líder militar del otro mundo, está obsesionado con capturarla. Shu se ve obligado a unirse a un ejército de niños soldado con el fin de prepararse para la guerra del agua, un trabajo que le hará descubrir las horripilantes verdades que esconde la naturaleza humana. Shu intentará defender a Lala-Ru por todos los medios, mientras que la guerra amenaza con destruirlo todo.

A raíz de un brote repentino de psicoquinesia en el 0,1% de la población, una rápida transformación barrió el mundo. La capacidad de Dios, para manipular la materia a distancia volvió muchos jugadores con energía a la violencia, la incitación de un largo período de agitación. Finalmente, después de una época caótica forma por el ascenso y la caída de los regímenes opresivos, los seres humanos psíquicos fueron capaces de lograr una paz frágil mediante el aislamiento de su sociedad, creando un nuevo mundo sujeto a las normas complejas. En la ciudad de Kamisu 66, 12 años de edad, Saki Watanabe acaba de despertar a sus poderes y es relevado a reunirse con sus amigos, la traviesa Satoru Asahina, el tímido Mamoru Itou, la alegre Maria Akizuki, y Shun Aonuma, un misterioso chico Saki quien admira en Sage-Academy, una escuela especial para los psíquicos. Sin embargo, el malestar se perfila como Saki comienza a cuestionar el destino de aquellos que no pueden despertar a sus poderes, y los niños comienzan a involucrarse con asuntos secretos, como los gatos rumoreado Tainted dijo a secuestrar a los niños. Shinsekai Yori cuenta la historia única de mayoría de edad de Saki y sus amigos en su viaje para convertirse en sus roles en la supuesta utopía. La aceptación de estas funciones, sin embargo, no podría venir fácil cuando se enfrentan a las verdades oscuras e impactantes de la sociedad, y la inminente caos nacido del nuevo mundo.

El enorme sistema de cuevas, conocido como 'Abyss' (el Abismo), es el único lugar inexplorado en el mundo. Nadie sabe qué tan profundo se encuentra este pozo titánico, habitado por extrañas y maravillosas criaturas y lleno de misteriosas reliquias antiguas que tienen un propósito desconocido para el hombre moderno. Generaciones de audaces aventureros han sido atraídos por las profundidades crípticas de 'Abyss'. Con el paso del tiempo, aquellos que fueron lo suficientemente valientes como para explorar el peligroso hoyo llegaron a ser conocidos como "Cazadores de Cavernas". En Orth, la ciudad al borde del abismo, vive una pequeña huérfana llamada Riko, que sueña con convertirse en una gran asaltante de cuevas como lo fue su madre y resolver el gran misterio del pozo. Un día, explorando las profundidades oscuras, se topa con un niño pequeño, que resulta ser un robot.